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Ayant perdu une majeure partie des ses moyens logistiques et de ses agents suite à la révélation de son infiltration par le réseau terroriste Hydra, l'organisation mondiale du maintien de l'ordre, le SHIELD, a été dissoute et est considérée par l'opinion mondiale comme organisation terroriste. Pourtant l'agent Phil Coulson s'est vu confié la tâche par l'ex-directeur Fury de rebâtir le SHIELD. À partir d'une ancienne base secrète du SHIELD et avec l'aide des agents restés fidèles à l'organisation, il tente de reconstruire le SHIELD et de stopper Hydra, qui devient de plus en plus puissante, et ce, tout en opérant en totale clandestinité...